log4j只会最简单的配置，不太方便。
可以试试Logback（Log4J的升级版，同一个人开发的），配置挺简单的，实现你的这个要求也很简单，修改一行配置就能实现。

log4j.rootLogger=INFO,SYS,stdout  去掉这里的SYS和后面SYS的配置

你在输出日志的代码那里用的是什么级别？你的FLOW定义为DEBUG级别，那么你企图输出的日志必须大于这个级别才能生效，such as logger.debug() 或者 logger.error()。

引用 2 楼 tianfang 的回复:

log4j.rootLogger=INFO,SYS,stdout  去掉这里的SYS和后面SYS的配置

谢谢！我知道怎么配了。

log4j.rootLogger=DEBUG,stdout
log4j.logger.SYS=DEBUG,SYS
log4j.logger.FLOW=DEBUG,FLOW

log4j.appender.stdout=org.apache.log4j.ConsoleAppender
log4j.appender.stdout.Threshold = DEBUG
log4j.appender.stdout.layout=org.apache.log4j.PatternLayout
log4j.appender.stdout.layout.ConversionPattern=[%d][%p][%F:%L]%m%n

log4j.appender.SYS=org.apache.log4j.DailyRollingFileAppender
#log4j.appender.SYS.Threshold = DEBUG
log4j.appender.SYS.file=../log/sys.log
log4j.appender.SYS.DatePattern="".""yyyy-MM-dd
log4j.appender.SYS.layout=org.apache.log4j.PatternLayout 
log4j.appender.SYS.layout.ConversionPattern=[%t][%d][%p][%F:%L]%m%n

log4j.appender.FLOW=org.apache.log4j.DailyRollingFileAppender
log4j.appender.FLOW.file=../log/flow.log
log4j.appender.FLOW.DatePattern="".""yyyy-MM-dd
log4j.appender.FLOW.layout=org.apache.log4j.PatternLayout 
log4j.appender.FLOW.layout.ConversionPattern=%d|%m%n

这样就可以了，Logger.getLogger(ClassNamexxx.class)这样的就只输出控制台，Logger.getLogger(”SYS“)这样的输出控制台又输出日志文件，Logger.getLogger(”FLOW“)也是只输出控制台又输出到flow文件。就是flow,sys共同继承stdout，所以两者的输出也会输出到stdout。如果不想继承父log也可以通过配置log4j.additivity.FLOW=false，这样FLOW日志只会输出到文件，不会输出到终端了。